Soixante-treize ans après que Thomas est entré dans le labyrinthe, la survie de l'espèce humaine est menacée par la Braise, une épidémie meurtrière. Isaac, un jeune apprenti forgeron, vit sur l'île où étaient installés Thomas et les autres Blocards. Son destin bascule le jour où une femme débarque à la recherche des descendants de Newt et Sonya. Ils sont selon elle la clé du remède à la Braise.